為了幫助發展遲緩的貧困兒童在發展的關鍵時期獲得妥善之治療與照顧，家扶基金會於1996年起陸續在彰化家扶中心、台中南區家扶中心、新北市家扶中心、雲林家扶中心及大同育幼院等單位投入發展遲緩兒童早期療育服務，提供轉介通報、個案管理、日托療育及時段療育等服務。跨專業之服務團隊結合社會福利、醫療、教育等專業人員，依發展遲緩兒童之個別需求，共同為其擬定及時、適切、連續與完整的服務方案與計畫。

          依據「兒童及少年福利與權益保障法」，對於遭受不當對待、疏忽照顧、虐待的兒童少年，可經由社政主管機關轉介安置，提供其安全、隱密之庇護。本會於南投、雲林、宜蘭、花蓮、澎湖等地區及大同育幼院均設有受虐兒童少年安置機構，提供其住宿、生活輔導與教育、醫療、心理輔導與治療、就學就業輔導、育樂休閒活動及親子互動等服務，除了提供兒童少年溫暖安全的生活，亦協助治療其身心創傷。

　　依「兒童及少年性剝削防治條例」，社政主管機關或警察機關查獲從事性交易或有從事性交易之虞的少年，需加以保護安置。本會目前於南投、花蓮提供保護安置服務，協助安置的少年修正其不合宜的認知與行為。又「少年事件處理法」1997年修訂後，對於犯罪情節輕微又素行良好之非行少年，盡量轉向處分，以教養取代管訓。為協助非行少年經由社區處遇的模式導正其行為，本會於南投、雲林、花蓮等地區提供非行少年轉向安置服務。不幸兒童少年服務是困難度極高的工作，本會期許透過住宿、生活輔導與教育、技能指導、育樂休閒活動及家庭關係之重建等服務內容，幫助其建立正確的生活態度與價值觀念，重建對未來生命的希望。

　　原住民兒童是本會長期關懷的服務對象，以關注於兒童的需求為出發，在原鄉部落運用社區工作之模式連結原鄉部落和社會資源，培力原鄉部落的組織和能量，使得原住民族群暨原鄉服務工作得以奠定穩固的基石。本會原鄉服務約略可分三大項:(1)以兒童為主的服務(例如:經濟協助、兒童生活適應服務、行動圖書館、課業輔導方案、才藝培養、彩虹屋和圖書室…等)，(2)家庭培力(例如:部落工作坊)，(3)社區組織培力(例如:部落廚房、母語班)。

        目前本會在新北市、桃園縣、新竹縣、南投縣、嘉義縣、高雄市、屏東縣、宜蘭縣、花蓮縣、台東縣等縣市的原住民鄉提供服務。

        遭受重大變故或虐待的兒童少年不只在生理方面受到傷害，心理更遭受巨大的創傷，其背後所隱藏的問題必是非常複雜且多元，因此需要心理諮商人員長期以深入、個別、團體心理諮商的方式，有效掌握治療時機，復原其身心創傷，否則不但對其未來產生不良影響，甚至可能重複其經驗而施虐於下一代。本會針對服務兒童少年的個別問題、狀況與需求，運用親職教育、家族治療、遊戲治療、個別諮商、團體輔導、家庭訪視等服務，協助兒少及其家庭紓解生活壓力、解決問題並恢復應有的親職功能。